Zbog izrazito nacionalističke prošlosti njenih osnivača i navijača, Škendija je u doba kada je Makedonija bila u sastavu Jugoslavije više puta rigorozno kažnjavana, a na kraju su vlasti zabranile njen rad.
Klub je ponovo osnovan posle otcepljenja Makedonije od SFRJ i od tada je stalni član elitnog ranga takmičenja u zemlji naših južnih suseda.
Za poslednjih 20 godina za klub iz drugog po veličini makedonskog grada mnogo se više čulo nakon ispada huligana koji ga podržavaju, nego zbog dobrih rezultata i lepih igara.
Pristalice koje kao organizovana navijačka grupa prate fudbalere Škendije nadenule su sebi ime "balisti", pa albanskim kvislinzima koji su tokom Drugog svetskog rata počinile brojne zločine na Kosovu i Metohiji i zapadnoj Makedoniji.
Osim gotovo svakodnevnih sukoba sa najvatrenijim navijačima drugog tetovskog kluba, Teteksa, za koji navijaju lokalni Makedonci pristalice Škendije su skrenule na sebe pažnju i 18. oktobra 2010. godine.
Tada su na prvenstvenoj utakmici protiv Napredoka u Kičevu skinuli sa jarbola makedonsku i okačili albansku zastavu, a kada je reagovala policija, došlo je do opšte tuče na tribinama.
Škendija je u prošloj sezoni prvi put postala šampion Makedonije, što je ujedno i premijerni trofej tetovskog kluba u klupskoj istoriji.
Trener Ćatip Osmani računa na igrački kadar sačinjen mahom od u Srbiji malo poznatih domaćih igrača koji su uglavnom izdanci omladinske škole Škendije.
Jedini internacionalac u redovima Partizanovog prvog rivala na novom putu ka Ligi šampiona je Srbin Vladimir Nikitović.
Radi se o iskusnom 31. godišnjem igraču sredine terena, koji je rođen u Čačku, a u našoj zemlji je igrao u nižim ligama za lokalnu Slobodu, gornjomilanovačke klubove Metalac i Takovo i Radnički iz Kragujevca.
Posle kratkrajne avanture u Sarajevu, jednu sezonu proveo je u podgoričkom Komu, a u redove šampiona Makedonije došao je prošlog leta.
Partizan će Škendiju ugostiti 12. ili 13. jula u Beogradu, a revanš susret je zakazan sedam dana kasnije na Gradskom stadionu u Tetovu, pod uslovom da taj stadion dobije dozvolu UEFA. U protivnom meč će se igrati u Skoplju.